二郭との間は深さ約6ｍ幅約12ｍの深い堀で隔てられる。
二郭は70ｍ四方の大きさであり、現在は熊野神社の境内である。
外城山とも言う。北側に2ｍ程度の高さの土塁と堀があり、台地平坦部と堀切で遮断している。
東側にも土塁が存在するが、本郭同様、北側は崩落してしまったようである。
本郭側には土塁はない。
現状は、２つの曲輪しか確認できないが、本郭と二郭間の堀の規模は石神城クラスの巨大さであることから、二郭西側に三郭があり、さらにその外側に金上台地を遮断する堀が北に延びていた。
また、金上溜から北にも金上台地を遮断するもう1本の堀が延びていた。
このため、城下町や宿も包む総構も有していたと推定され、今残っている姿からは想定できないような巨大な城郭だった可能性がある。
金上溜の水利権を管理するとともに金上台地上を通る湊街道の交通を抑える城だったのであろう。
金上城の築城は平安時代 寛治3年（1089）村上源氏系の伊予守明成によると言われている。村上源氏といえばあの村上水軍や信濃の武将村上義清と同じ系統である。
どのような経緯でこの常陸にやって来たのだろうか？
その子孫は水戸城の江戸氏に仕え、子孫の明直の時、天正18年(1590)佐竹氏の江戸氏攻撃で討ち死にし、城は落城し廃城になったと伝えられる。
